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六月初，政务院和圣学院、都察院多次对如何妥善处理与南北商会的纷争一事进行了商讨，一直到六月中旬才有了个结果，就是拆分路商局为商税局和公路局不变。 为了照顾南北商会的情绪，也为了避免朝廷失去信用，三个部门又抽人专门跟南北商会进行了直接磋商。最后结果就是商税两成不变，商业活动中利润两成封顶不变，因为这两个不变是天启原来的要求，皇帝的面子还是要给的，在照顾皇帝面子的同时也准备给商家作些补偿。
为了避免商会瞄着火耗利润心有不甘，最后决定不按年成收火耗，而是按实际造币量收火耗。其中银子铸银币时实际火耗为一成，但要按两成收取火耗，多余的这一成拿来给清廉的官员算是养廉银，朝廷不在这里面获取丝毫收益。见朝廷都不把火耗当作收益存留下来，山西商会和湖广商会的人也死了心决定从中退出，他们怕再贪心不足会激起所有官员的怒火，商人跟一个官员作对没什么，如果跟所有官员作对那就是找不自在。
见两个商会的人有眼色知道取舍，圣学院建议听从天启的意见，将商税局再次拆分为税务局和工商局。在这里作了一个变通，就是把工业和商业分开了，低买高卖获取差价的称为商业，将物品重新组合加工的称为工业。当然，两成利润封顶的限制局限于商业，工业暂时不作封顶，这样既尊重了皇帝的意见，也算是对商人的一种补偿。见朝廷这样变通退让，山西商会和湖广商会的两个会长也非常满意，觉得对商会中人也算有了交代。
收税事务上商会退出了，造币事务上商会也退出了，现在只剩下一个公路局事务和钱庄的放贷业务。对于有商人提出这两项他们也退出时，圣学院的意见是现在不行，因为现在朝廷没钱。假如有人真想退出，现在退出的人只能拿回一半银子，三年后退出的可以拿回本金，五年后退出的可以多拿一半本金作利息。就是说假如有人出资一百万两，现在要退股就退其五十万收回股份，三年后退股的能拿回一百万本金，五年后退股的能拿回一百五十万。
为了平息股东们对这事的不满，朝廷允许股东们自己私下转让股份，也允许他们把家中见不得光的存银分批换成银元。朝廷原来只把税银和参股银化了造银币，对来历不明的走私银不作兑换反而要严查，现在允许股东们分批兑换相当于帮他们洗黑钱，或者是允许他们在帮别人洗黑钱时捞一笔。对这种补偿股东们心知肚明也不再计较，有的人还欣喜若狂。
明朝立国初期流动银两数并不多，到了天启年间全国的银两总数大概翻了一翻多，多是从海外贸易中流回大明的。这些多出来的银子几乎都集中在商人手中，他们用生丝、茶叶、瓷器等换回了大量白银，据说做这些生意的人家里没有一百万都不好意思说自己有钱。当然凡事有利就有弊，种桑种茶的多了种粮的必然就少，这也是大明这几年生粮食危机的原因之一。
大量的白银流进大明，但大明朝廷却没有得到什么好处，天启看到这种情况后下旨造银币，逐渐要禁止银币以外的白银流通。在造银币时只允许股本银两和税收银两造币，其余的银子要换银币不但要收两成火耗还要收两成税，这让很多家有存银的人很是心慌。其实不仅仅是有存银的人心慌，朝廷也有些担心，担心这些有钱人私下造币或者干脆作乱反对。现在趁着给股东们一些补偿，顺便把这事作个了断，不能收到走私税至少能收到两成火耗也不亏。
在钱庄的放贷利息上，政务院再次通告将两分利封顶的利息降为一分利封顶。至于那些说淡季亏损旺季被封顶平均下来没赚头的商人，朝廷不作理会，就一句话觉得亏你可以不做。
在这些互相妥协退让过程中，朝廷确定了与商人之间的新关系。商人有了商户的身份，根据在工商局登记的资本和项目进行经营活动，便于收税和便于管理，使商业活动均衡展，避免出现在某些项目上群进群出，而某些项目上又无人问津的现象。所有人的意见和建议都得到了重视和回复，至少在表面上大家都是满意的，唯独在公路局的问题上有一点心结。
路商局和钱庄是天启当时搞的，总金额有六千万两但号称一万万两，现在被剥来剥去只剩下放在中央钱庄里的银元和公路局的项目。六千万银子收取了一成火耗又提前了些让股东们高兴了两天的利息，现在只有五千万了，这还是大家心疼自己的钱只收实际火耗的结果。钱庄的放贷利息降为一分后，赢利能力大为下降，公路局更是个只见投入看不到产出的无底洞，也就是说风光一时的路商局和中央钱庄现在成了个烂摊子。
听到这个结果很多人都心慌了，南北商会的人没有办法加上得到了补偿还好些，持股的朝中官员、诸多皇族都有些心急如焚，纷纷前来打探消息。户部的态度不明，因为他们只出了五百万，还有五百万是跟天启借的，打的就是捡来娃儿用脚踢的主意，想的就是大不了把股份划给天启。当郑老贵妃和李康妃派人来向皇后打探了几次消息后，天启才知道烂摊子又推给了自己这个创始人身上了。
当政务院几天后才把经过呈报上来时，天启也不好说什么，因为这是他自己要求说没大事十天一报，偷懒就要付出偷懒的代价。政务院把责任退到了圣学院身上，说这一切都是圣学院的主意，圣学院说这样做是最好的结果，股份的事他们尽了最大努力实在是心有余而力不足，只有把问题交给皇帝圣裁，相信以天启的英明睿智一定能有好办法。
天启知道他们在胡扯，也知道他们主要对两成利润封顶和降利息有微词。反过来想一想自己也把事情看得简单了些，组建个班子然后只管躺在一边分红利，还要提出这样那样的要求，属于一厢情愿也让人感到为难。不过天启没有心慌，他认为问题肯定能得到解决，最多需要些时间。但是，当福王等诸位王爷6续上奏表露出对股本的安全表示担忧时，天启知道不能再拖了，这帮大爷能不生事已是万幸，惹得他们掺和进来就麻烦。
这人的关系其实很简单，但是一掺杂进利益就复杂多了，夫妻成仇兄弟反目的事时有生，今天的朋友明天变成敌人，昨日的敌人今天又搞合作，这些都是见惯不惊的事。这一开始是商人和朝廷的互相利用，商人需要朝廷的权力作保护伞，朝廷需要商人的银子支持，一开始都很愉快也很乐观。但后来就生矛盾了，不过这也不奇怪，翻开历史书看看就知道，中国人历年来就不具备合作精神，真正通过合作做成事的少之又少。
本来是朝廷和商人之间的利益之争，现在他们互相满意了反而把矛盾集中在自己这个创者身上，因为股东们一找上门询问，几个部门就互相推诿，充分展示出了善于踢皮球的官僚作风。大家一合计就找到天启诉苦要天启作主，因为他们是在天启的劝说下才参股的，就像很多人一害怕就叫妈，原因就是他认为是他妈把他带到这世上的，他妈必须对他对付不了的事负责到底。